Gizli yazışmalar EBYS sistemi üzerinden yapılmayacak, gizli yazılar için ayrıca evrak kayıt defteri tutulacaktır. Soruşturma Koordinatörlüğüne gönderilecek gizli yazıların elden takibi yapılacaktır.
Akademik birimlere EBYS üzerinden gelen yazılar fakülte/enstitü/yüksekokul/meslek yüksekokulu sekreterleri tarafından teslim alınarak, birim amirinin vermiş olduğu yetki çerçevesinde alt birimlere havale edilerek, yetkisi dışındaki yazılar ise birim amirine sunulacaktır.
Kurumiçi ve kurumdışı yazılar EBYS sistemi üzerinden yapılarak, kurumiçi evrak elden gönderilmeyecek olup evraklar EBYS sistemi üzerinden gönderilecektir. Kurumdışı gidecek evrakın bir çıktısı ilgili kuruma gönderilecektir.
Dış birimlerden gelen yazılar tarama işlemi yapılarak sisteme dahil edilecektir.(Örnek:Öğrenci dilekçeleri kurum dışı evrak işlemi gibi sisteme taranarak dahil edilecektir.)
EBYS evrak işleyişinin düzenli olabilmesi için izine gidecek personelin yerine bakacak kişiyi sistemde vekil olarak ataması zorunludur.
Hizmet alımı ile çalışıp EBYS sistemine tanımı yapılan personelin herhangi bir nedenle işten ayrılması veya yer değişikliği, ivedi olarak Rektörlük Yazı İşleri Müdürlüğüne bildirilecektir.